固相合成多肽側鏈保護
Asp和Glu
Asp和Glu側鏈羧基常用t-Bu保護.可用TFA、TMSBr等脫除.但是用t-Bu保護仍有側鏈環化形成酰亞胺的副反應發生.近年來，發展了一些新的保護基如環烷醇酯、金剛烷醇酯等可減輕這一副反應，這些(固相合成多肽)保護基可用TMSOTf(三氟甲磺酸**硅烷酯)除去.
Ser、Thr和Tyr
ser、Thr的羥基及Tyr的酚羥基通常用t-Bu保護.叔丁基的引入比較麻煩，首先ser制成芐氧羰基酯，再在酸催化下與異丁烯反應.Ser和Thr還可用芐基保護，Ser用芐醇引入芐基、Thr用溴芐引入芐基.
Asn和Gln
Asn和Gln側鏈的酰胺鍵在(固相合成多肽)肽合成中一般不加以保護.但合成大肽時，Asn和Gln的α-羧基活化時可能會發生分子內脫氫反應生成氰基化合物.堿性時Gln的側鏈可以環化生成酰胺.而且不保護的Fmoc-Gln和Fmoc-Asn在DCM中溶解度很差.為了避免這些問題，可以用9-咕噸基，2，4，6-**氧芐基，4，4′―二甲氧二苯甲基或三苯甲基等保護，這四種基因均可用TFA脫除.
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